负责多个美国国家科学基金会(National Science Foundation, "NSF")项目。在国际重要学术期刊上发表论文80余篇,是教材"Fundamentals of Supply Chain Theory"的作者之一,曾获2003年美国国家科学基金会杰出青年教授奖(CAREER Award)、2008年美国运筹学和管理学研究协会(INFORMS)查克·雷夫尔新星奖(Chuck ReVelle Rising Star Award)等。
申作军教授现任运筹学和管理学研究协会多个分会的主席及委员,并担任《运筹学》("Operations Research")、"Naval Logistics Research"、《生产运作管理》("Production and Operations Management")、"Omega"、《亚太运筹学》("Asian Pacific Journal of Operational Research")和《工业工程师协会汇刊》("IIE Transactions")的副主编;担任《计算机与运筹学研究》("Computers and Operations Research")和"International Journal of Inventory Research"编委。